TPP Demo2009 中文說明+操作畫面

TPP 官方 wiki 在 2009 年中製作了一份 TPP Demo2009 ，

http://tools.proteomecenter.org/wiki/index.php?title=TPP_Demo2009

裡面的內容從 TPP 軟體的初始下載到安裝，

以及基本的資料庫(X!Tandem)搜尋、檢驗分析結果(PeptideProphet, ProteinProphet)，

還有新增的功能(SpectraST搜尋)都有 Demo 說明，

是一個很好的 TPP 操作指引。

TPP Demo2009 - 10. Protein-level validation with ProteinProphet 使用 ProteinProphet 做 protein 層級的檢驗

ProteinProphet is a tool that provides statistical validation of Protein identifications, and is based on PeptideProphet results.

ProteinProphet 是一套基於 PeptideProphet 結果檔的檢驗工具，
以統計模型來檢定 Protein Identifications 是否為 false match。

TPP Demo2009 - 9. Peptide Quantitation with ASAPRatio 使用 ASAPRatio 定量 Peptide

ASAPRatio is a tool for measuring relative expression levels of peptides and proteins from isotopically-labeled samples (e.g. ICAT, SILAC, etc).

ASAPRatio 是一套用來測量以同位素標定樣本的工具，可計算出該 peptides 與 proteins 層級的相對表現量。

TPP Demo2009 - 8. Further peptide-level validation iProphet 使用 iProphet 做進一步的 peptide 層級檢驗

iProphet (or InterProphet) is a tool that provides statistical refinement of PeptidePropet results.

iProphet (或稱為 InterProphet) 工具能將 PeptidePropet 產生的結果檔合併並做更進一步統計上的檢驗。

TPP Demo2009 - 7. Visualize LC-MS/MS data using Pep3D 使用 Pep3D 來瀏覽 LC-MS/MS 圖譜

Pep3D is a tool for visualizing LC MS data, along with results from PeptideProphet.

Pep3D 是用來視覺化 LC MS 資料的工具，可搭配 PeptideProphet 的結果檔。