TPP Demo2009 - 4. Search data with X!Tandem 使用 X!Tandem 搜尋引擎

A custom version of the popular open-source search engine X!Tandem is bundled and installed with the TPP. It has been modified from the original distribution by adding the K-Score scoring function, developed by a team at the Fred Hutchinson Cancer Research Center.

TPP 本身包含客製化後的開放搜尋軟體 X!Tandem。
內含的 X!Tandem 已被更改並加入 K-Score 功能，該功能由Fred Hutchinson Cancer Research Center 所發展。

• First, make sure that Tandem is selected as the analysis pipeline.

首先，確認分析平台仍是 Tandem。

• Click the Database Search tab under Analysis Pipeline to access the X!Tandem search interface.

將滑鼠移至上方的"Analysis Pipeline (Tandem)" 選項，並從跳出的視窗中，選擇"Database Search"選項。

• Under Specify mzXML Input Files, click Add Files and select the two mzML files present in the demo2009\tandem directory as input files for database searching.

在"Specify mzXML input Files"區塊中，點選"Add Files"按鈕。

勾選 demo2009\tandem 底下的2個 mzML 檔案後，再按下"Select"按鈕。

• Similarly, under Specify Tandem Parameters File choose the Tandem parameters file called tandem.xml located in the same directory.

上述步驟完成後，再從跳回的頁面中，點選"Specify Tandem Parameters Files"下的"Add Files"按鈕。

勾選 Tandem 的搜尋參數檔案 tandem.xml後，再按下"Select"按鈕。

This file defines the database search parameters that override the full set of default settings referenced in the file isb_default_input.

該檔案包含了搜尋參數，會覆蓋在 isb_default_input 目錄下的預先設定值。

In this example, the mass tolerance is set to -2.1 Da to 4.1 Da, and the residue modification mass is set to 57.021464@C. A wide mass tolerance is used to include all the spectra with precursor m/z off by one or more isotopic separations; the high accuracy achieved by the instrument is then modeled by PeptideProphet with the accurate mass model.

以此範例而言，mass tolerance 設定為 -2.1 Da 至 4.1 Da，

residue modification mass 設定為 57.021464@C。

而 wide mass tolerance 被用來包含所有 precursor m/z 偏差一個或多個 isotopic separations。

儀器的高精準度則由 PeptideProphet 程式的 accurate mass model 建立 。

For more information, please go to TANDEM

更多的資訊請參閱 TANDEM 。

• Lastly, select a sequence database to search against. Navigate up to the dbase directory in the File Chooser, and select the database file yeast_orfs_all_REV.20060126.short.fasta.

上述步驟完成後，再從跳回的頁面中，點選"Specify a sequence database"下的"Add Files"按鈕。

點選右方的 data 目錄連結回到上層目錄。

點選 dbase 目錄連結進入序列資料庫的所在目錄。

勾選"yeast_orfs_all_REV_20060126.short.fasta"後，再按下"Select"按鈕。

• Start the search by clicking on Run Tandem Search. The search needs about 25mins for two files.

上述步驟完成後，再從跳回的頁面中，點選"Search!"下的"Run Tandem Search"按鈕。

搜尋過程約花費25分鐘。若完成搜尋，頁面上方的狀態欄會呈現橘色。

Convert results to PepXML

轉換搜尋結果檔成 PepXML 格式

Since each search engine provides results in different ways, the TPP requires that they be converted to a common format for downstream processing. This is the PepXML format, and can the conversion can be effected via the pepXML tab of the Analysis Pipeline.

因為各家搜尋引擎結果格式不盡相同，TPP 需要將其轉換成共同格式以利後續處理。
該格式稱為 PepXML，轉換程式可經由"Analysis Pipeline"分頁中的"pepXML"頁面完成。

• Choose the two OR2008*.tandem files in the demo2009\tandem directory; these are the X!Tandem search results.

在"Files to convert to PepXML"區塊中，點選"Add Files"按鈕。

在 demo2009\tandem 目錄下勾選2個 tandem 檔案後，再按下"Select"按鈕。

• Click on Convert to PepXML.

上述步驟完成後，會回到 pepXML 的網頁，並在上方出現剛剛所選的檔案。

確認無誤後，再按下"Convert to PepXML"按鈕等待完成即可。