TPP Demo2009 中文說明+操作畫面

TPP 官方 wiki 在 2009 年中製作了一份 TPP Demo2009 ，

http://tools.proteomecenter.org/wiki/index.php?title=TPP_Demo2009

裡面的內容從 TPP 軟體的初始下載到安裝，

以及基本的資料庫(X!Tandem)搜尋、檢驗分析結果(PeptideProphet, ProteinProphet)，

還有新增的功能(SpectraST搜尋)都有 Demo 說明，

是一個很好的 TPP 操作指引。

而本文件除了試著將步驟說明翻譯成中文，並且加上些微的註解，

最後附上實際操作畫面，希望能夠幫助初學者更快的應用 TPP !

目錄:

TPP Demo2009 - 1. Download and install the TPP (下載並安裝 TPP)

TPP Demo2009 - 2. Download and install the test data and database (下載並安裝測試資料)

TPP Demo2009 - 3. Convert raw data to the mzML format (轉換 raw data 成 mzML 格式檔案)

TPP Demo2009 - 4. Search data with X!Tandem (使用 X!Tandem 搜尋引擎)

TPP Demo2009 - 5. Search data with SpectraST (使用 SpectraST 搜尋圖譜數據)

TPP Demo2009 - 6. Validation of Peptide-Spectrum assignments with PeptideProphet (使用 PetideProphet 檢驗 pepitde 與 Spectrum 對應的關係)

TPP Demo2009 - 7. Visualize LC-MS/MS data using Pep3D (使用 Pep3D 來瀏覽 LC-MS/MS 圖譜)

TPP Demo2009 - 8. Further peptide-level validation iProphet (使用 iProphet 做進一步的 peptide 層級檢驗)

TPP Demo2009 - 9. Peptide Quantitation with ASAPRatio (使用 ASAPRatio 定量 Peptide)

TPP Demo2009 - 10. Protein-level validation with ProteinProphet (使用 ProteinProphet 做 protein 層級的檢驗)